Este trabajo se propone evaluar el desafío y las oportunidades de un nuevo mecanismo de monitoreo y evaluación (M&E) del Sistema de Innovación Agrícola del país, uno que permita verificar su desempeño y eficiencia en la promoción del cambio técnico en el sector agrícola, partiendo del principio de la importancia de la información para la toma de decisiones, la alineación de la política pública y la gobernanza. El resultado principal del estudio incluye el desarrollo de un nuevo modelo lógico del Sistema y su proceso de M&E, apoyado en los enfoques de los Sistemas de Innovación y la Teoría del Programa, basados en la comprensión del papel de los actores, relaciones, procesos, actividades y "cuellos de botella", que prácticamente constituyen subsistemas con sus propias dinámicas. Como una propuesta de política pública, se presentan las características que este mecanismo debe tener para orientar el Sistema a través de la "toma de decisiones ilustrada", así como consideraciones y recomendaciones para llevar a cabo su implementación. Esta nueva mirada del Sistema, desde la evolución de los enfoques de la gestión del conocimiento, constituye un elemento transformador que vale la pena seguir explorando con la finalidad de contar con sistemas nacionales y territoriales de innovación, direccionados y coordinados hacia el logro de sus metas, que puede ser replicado en otros subsistemas nacionales y que permita, además, superar métodos tradicionales como la gestión por resultados, cuya visión se queda corta al momento de identificar las causas de resultados no esperados y admitir resolverlos con el ejercicio del M&E.