La Independencia de México (1821) cambió las relaciones entre la Iglesia y el Estado. Éste buscó mantener a aquélla sometida, como lo había estado durante el período hispánico. Para esto usó las instituciones jurídicas hispánicas e intentó ajustarlas a las nuevas circunstancias. En general el alto clero mexicano, por su parte, deseaba un nuevo arreglo; uno que, sin excluir del todo las pretensiones estatales, garantizara su independencia y reafirmara su subordinación al papa. Todo esto ocurría con un telón de fondo complejo, ya política, ya ideológicamente. Entre otros asuntos a considerar están el no reconocimiento de la Independencia por el rey de España, el poco conocimiento de la realidad diplomática europea por parte de los mexicanos, la suspicacia con la que la Santa Sede veía a las nacientes repúblicas hispánicas y las presiones europeas que recibía para mantener la situación anterior a la emancipación, las tensiones generadas porque Chiapas era políticamente mexicana y eclesiásticamente dependía de Guatemala, un ambiente ideológico cada vez más adverso a la eclesiología católica que surgió como respuesta a la Revolución Francesa y el miedo que la Iglesia tenía a un resquebrajamiento de la unidad. Fray Luis García y Guillén, primer obispo de la diócesis de Chiapas una vez lograda la separación de España, fue uno de los muchos personajes que intervinieron en este proceso. Criollo comiteco, fue educado en la capital guatemalteca y allá se hizo mercedario. Obtuvo en su orden importantes posiciones y gozó de prestigio por sus grandes letras y vida virtuosa. Se hizo notar por rechazar lo que parecía una mitra cismática y, luego, obtuvo la de Chiapas. En este destino se enfrentó a problemas graves: la pobreza de su diócesis, el desarreglo que en ella reinaba después de una larga sede vacante y, especialmente, las cada vez más tirantes relaciones con el poder temporal, ya en la dimensión local, ya en la federal. García poseía un carácter conciliador y muchas veces cooperó con las autoridades. Sin embargo, puesto entre las exigencias de éstas y su conciencia, no dudó. Murió pobre, camino al exilio, aún en tierra mexicana.