Cuando se está en el vientre materno, antes del nacimiento, el tracto gastrointestinal (TGI) es aséptico, pero después del nacimiento se encuentra una microbíota que contribuye con la digestión. En el intestino grueso de los herbívoros la microbiota es compleja y actúa en la digestión de las fibras como la celulosa, similar a lo que sucede en el rumen. Las bacterias constituyen un tercio de la materia fecal. La dieta también tiene efectos en la flora gastrointestinal, y esta puede aumentar cuando hay nutrientes en áreas como el ciego y el colon de los monogástricos. Los alimentos deben ser modificados en el aparato digestivo para poder ser absorbidos y utilizados. El conjunto de procesos físicos y químicos que transforman las moléculas en sus unidades estructurales se denomina digestión.