En Plan Colombia John Lindsay-Poland narra la masacre ocurrida en 2005 en la Comunidad de Paz de San José de Apartadó y la subsiguiente investigación, encubrimiento oficial y respuesta de la comunidad internacional. Examina cómo la asistencia militar multimillonaria provista por EE.UU. así como la indiferencia oficial, contribuyeron a las atrocidades cometidas por el ejército colombiano. Con base en su activismo en derechos humanos y entrevistas a oficiales del ejército, miembros de las comunidades y defensores y defensoras de derechos humanos, Lindsay-Poland describe iniciativas de base en Colombia y EE. UU. que resistieron las políticas de militarización y crearon alternativas a la guerra.