La presencia tradicionalmente dominante de la Iglesia Católica, se ve hoy en día complementada por una pluralidad religiosa creciente (incluyendo la religiosidad indígena), que plantea nuevos desafíos. El eje actual de las relaciones entre las iglesias y comunidades religiosas, las personas individuales y el Estado, es sin duda la libertad religiosa, que los tratados internacionales de derechos humanos protegen con amplitud. Esas vinculaciones trascienden la relación institucional y se reflejan en materias tan diversas como el derecho de familia, la educación, las relaciones laborales, la protección penal de la libertad religiosa, el financiamiento de las confesiones religiosas, etc.