La investigación acerca de si se cometió un delito y quién es su responsable es el momento en el cual más casos penales se estancan. Es el principal cuello de botella que impide que los delitos graves sean judicializados exitosamente. Los casos graves y difíciles de investigar tienen tasas muy bajas de éxito en la investigación y se caracterizan por altísimos niveles de impunidad. Los registros cuantitativos de la Fiscalía General de la Nación revelan que los esfuerzos de investigación son utilizados de manera irracional. La ausencia de una política de priorización estratégica impide que los esfuerzos de la política criminal se destinen a investigar lo más importante.