En este libro se analizan los factores institucionales que inciden en la toma de decisiones de política pública a nivel territorial, y se indaga sobre los determinantes de la gobernanza en los sistemas regionales de ciencia, tecnología e innovación (CTel), a partir de un estudio cualitativo de Risaralda, Huila y Chocó, con enfoque bottom-up. Se argumenta que dichos factores tienen explicación en la alineación vertical. en términos de la adecuada relación entre los objetivos, los instrumentos y los problemas, necesidades y oportunidades locales. Como resultado, se observa una alineación vertical parcial, con avances considerables en la identificación de los problemas y objetivos, pero con retos importantes en la definición de instrumentos que permitan operativizar y materializar sus políticas de CTel, lo que demuestra la relación directa entre la consistencia y madurez de los esquemas de gobernanza con sus niveles de desempeño y capacidades institucionales en esta materia.